此时，扶苏已经完成了大秦和大明的主线任务。
此时，穿越过两次的扶苏被阿尔宙斯邀请到了神奇宝贝世界。并且家就在小智家隔壁！
穿越过来的扶苏4岁时，就帮助大木博士研究神奇宝贝。
扶苏5岁时，关都出现了时空扭曲。扶苏顺着时空隧道到达古代神奥！
扶苏到达后，系统又给了扶苏无限的宝贝球、超级球、高级球、起源球、大师球、公园球。
——
而此时，大木博士正在举办夏令营。
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镜头转向洗翠地区，此时扶苏已经六岁。在路上，扶苏收服了10只洗翠索罗亚、5只劈斧螳螂、1只洗翠霹雳电球、20只洗翠顽皮雷弹、7只洗翠勇士雄鹰、4只幽尾玄鱼、一只起源帝牙卢卡、一只起源帕路奇亚、一只阿尔宙斯分身、一只起源骑拉帝纳、一只闪光席多蓝恩、15只月月熊、20只诡角鹿、一只眷恋云、4只洗翠大剑鬼、2只洗翠狙射树枭、一只洗翠火暴兽。
——
转眼间，扶苏7岁了，遇到了时空隧道，前往了1000年前的帕底亚地区。
在那里，扶苏收服了6只沙铁皮、5只爬地翅、25只弃世猴、一只故勒顿、5只吼叫尾、一只波荡水、一只猛雷鼓。
时间转瞬即逝，扶苏此时已经9岁，扶苏第三次遇到时空隧道。前往了1000年后的帕底亚地区！
在一千年后的帕底亚地区，扶苏收服了5只铁荆棘、7只铁包袱、6只铁毒蛾、9只铁武者、新叶喵、润水鸭、呆火鳄各一只。
……
光阴似箭，日月如梭。扶苏已经10岁，本来今天是要去领宝可梦的，介于扶苏已经有宝可梦。所以扶苏到了9点钟才去大木研究所！
由于扶苏到的时间比小智早，扶苏把皮卡丘领走了，留下了一只霹雳电球。
此时，小智起来了！花子说:小智，太阳都晒屁股了！今天是领取宝可梦的日子。隔壁的扶苏一个小时前都已经去了！
此时，小智急急忙忙的到达大木研究所后，想要小火龙、杰尼龟、妙蛙种子。结果大木博士说:小智，你来的太晚了。现在连皮卡丘也被前一个来的拿走了。不过那个人留下了一只霹雳电球！
小智:好吧！
——
而此时，扶苏在常磐森林收服了大针蜂、巴大蝴、飞天螳螂、大甲。
扶苏收服完宝可梦后穿过了常磐森林，前往了尼比市。
一个小时后，扶苏到达了尼比道馆。小刚说:挑战者是吗？扶苏:是的。
小刚:大岩蛇，准备战斗。
扶苏:go to fight，皮卡丘
小刚:扶苏，我建议你看看属性克制表再来。小拳石，使用撞击
扶苏:皮卡丘，使用劈瓦
小刚:什么？居然是格斗系招式，我真是小看你了！
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两个小时后，扶苏通过一只皮卡丘拿到了灰色徽章。
此时，小智到达了常磐森林，发现了一只独角虫在攻击一位少女。小智对独角虫说:我要收服你！独角虫听后对小智摆出一副战斗的样子。
小智:出来吧！霹雳电球。霹雳电球，使用电光。
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